![[Experimental]](figures/lifecycle-experimental.svg)
A function that returns a prob() function that computes the toxicity
probabilities for a given dose level, based on the model specific parameters.
Usage
probFunction(model, ...)
# S4 method for class 'GeneralModel'
probFunction(model, ...)
# S4 method for class 'ModelTox'
probFunction(model, ...)
# S4 method for class 'LogisticLogNormalOrdinal'
probFunction(model, grade, ...)Value
A prob() function that computes toxicity probabilities.
Functions
probFunction(GeneralModel):probFunction(ModelTox):probFunction(LogisticLogNormalOrdinal):
Examples
my_model <- LogisticLogNormal(
mean = c(-0.85, 1),
cov = matrix(c(1, -0.5, -0.5, 1), nrow = 2),
ref_dose = 50
)
prob_fun <- probFunction(my_model, alpha0 = 2, alpha1 = 3)
prob_fun(30)
#> [1] 0.6147973
ordinal_data <- .DefaultDataOrdinal()
ordinal_model <- .DefaultLogisticLogNormalOrdinal()
opts <- .DefaultMcmcOptions()
samples <- mcmc(ordinal_data, ordinal_model, opts)
probFunction(
ordinal_model,
grade = 2L,
alpha2 = samples@data$alpha1,
beta = samples@data$beta
)(50)
#> [1] 0.499040310 0.579756541 0.240011428 0.171554285 0.345547106 0.206376766
#> [7] 0.137734612 0.498037382 0.556683520 0.334027611 0.190185243 0.159432948
#> [13] 0.347629296 0.401607749 0.063880535 0.240541240 0.173092042 0.151423597
#> [19] 0.401516297 0.101761440 0.046661058 0.426430852 0.308298210 0.108091823
#> [25] 0.454054895 0.149210280 0.262697949 0.278304324 0.036155581 0.024384631
#> [31] 0.210985398 0.134477966 0.180991308 0.072818876 0.264145348 0.243131611
#> [37] 0.363482908 0.218220571 0.100510674 0.203902946 0.081650924 0.128486347
#> [43] 0.246687359 0.426943742 0.496152883 0.200102165 0.185879624 0.301183661
#> [49] 0.340405788 0.296643389 0.226092342 0.270144988 0.094652260 0.328444901
#> [55] 0.118934754 0.083233117 0.199369336 0.092901087 0.322445984 0.069464141
#> [61] 0.230600620 0.180114896 0.209917409 0.420948093 0.054383126 0.079744195
#> [67] 0.283173383 0.261557750 0.196696952 0.254961916 0.129338492 0.484884447
#> [73] 0.401317502 0.287837370 0.202708348 0.013891549 0.046497233 0.019680371
#> [79] 0.199206468 0.304037222 0.463762234 0.195508190 0.249146609 0.108237505
#> [85] 0.467990797 0.496157025 0.130045139 0.137895674 0.045039428 0.338064978
#> [91] 0.326910375 0.445838756 0.499684444 0.304009645 0.192510205 0.077136665
#> [97] 0.133856556 0.151610897 0.269096657 0.204469346 0.245647710 0.253560415
#> [103] 0.265204375 0.438758326 0.059402548 0.152320838 0.117067275 0.302657293
#> [109] 0.241110185 0.093425358 0.076293591 0.199040249 0.235167859 0.294363355
#> [115] 0.117145209 0.142097115 0.266303932 0.496259253 0.306418665 0.251167313
#> [121] 0.316698216 0.077273895 0.393125680 0.190930195 0.289459208 0.166661611
#> [127] 0.223868241 0.155402935 0.166219874 0.142044421 0.141095530 0.212357402
#> [133] 0.137566362 0.221232493 0.422449738 0.142564838 0.224856550 0.104570365
#> [139] 0.133067733 0.273919473 0.363983999 0.179800642 0.254395646 0.334721654
#> [145] 0.265281321 0.110991757 0.076975541 0.288078715 0.150530505 0.213214541
#> [151] 0.070042898 0.106403133 0.065243723 0.387582063 0.299031737 0.413119088
#> [157] 0.600018863 0.143243484 0.301934393 0.296735243 0.031996819 0.388868683
#> [163] 0.229295962 0.369982054 0.088635720 0.304357166 0.375794987 0.102062268
#> [169] 0.137725652 0.151169750 0.228100717 0.314727851 0.413837912 0.245270171
#> [175] 0.123825527 0.118493020 0.364858622 0.226188224 0.078001760 0.154243992
#> [181] 0.115879876 0.049970637 0.087655463 0.037257391 0.433974397 0.113838206
#> [187] 0.027962957 0.282963897 0.329839532 0.355400680 0.144317867 0.467255055
#> [193] 0.282395637 0.498498298 0.214587253 0.237799821 0.315793627 0.028169805
#> [199] 0.018193128 0.097891685 0.114836782 0.281328530 0.151179089 0.155123881
#> [205] 0.160206494 0.104060532 0.160549205 0.249819577 0.234617940 0.361692434
#> [211] 0.460044433 0.041202887 0.114509778 0.299496035 0.284241673 0.164828189
#> [217] 0.190111532 0.444630105 0.128267066 0.388208207 0.494700803 0.399921909
#> [223] 0.029010301 0.061498359 0.252095385 0.258594063 0.198608595 0.304897890
#> [229] 0.101402600 0.155207966 0.348286910 0.377829361 0.552097051 0.312484663
#> [235] 0.234525488 0.274536073 0.469720422 0.343304879 0.301358403 0.381132357
#> [241] 0.477529357 0.506794647 0.466902048 0.098940869 0.080144677 0.373060333
#> [247] 0.457124519 0.243369750 0.211372850 0.140701043 0.347211271 0.048948022
#> [253] 0.079416194 0.134538214 0.006815926 0.051217509 0.023073059 0.065897143
#> [259] 0.144430025 0.133807175 0.121977614 0.151969945 0.067751017 0.052137856
#> [265] 0.175325553 0.594542649 0.251451416 0.290992872 0.226643257 0.470313822
#> [271] 0.038007567 0.370557301 0.460083741 0.247373798 0.289700506 0.446997752
#> [277] 0.365333085 0.083613228 0.083526034 0.205727523 0.330854970 0.524376403
#> [283] 0.093839561 0.287481424 0.640310215 0.181499860 0.029957511 0.406692174
#> [289] 0.218263525 0.263510697 0.430117947 0.156894971 0.054591243 0.009658817
#> [295] 0.213748819 0.298313932 0.103882733 0.229239416 0.085659262 0.045455889
#> [301] 0.167553071 0.174774475 0.096880062 0.206410592 0.295388672 0.231733142
#> [307] 0.381392091 0.281919988 0.173709171 0.048781138 0.450613815 0.154740036
#> [313] 0.747844825 0.452364833 0.471914701 0.129172234 0.296668629 0.124324570
#> [319] 0.254759366 0.236410661 0.200205181 0.239481880 0.166965361 0.126932543
#> [325] 0.388438232 0.143823104 0.207728233 0.129876536 0.101508384 0.083491977
#> [331] 0.059279250 0.122004304 0.477145779 0.427436815 0.295827559 0.092241613
#> [337] 0.296807520 0.156229184 0.009342641 0.009506226 0.348102907 0.331140015
#> [343] 0.435915377 0.379533581 0.259504760 0.357686930 0.146535498 0.181549773
#> [349] 0.115820040 0.485900258 0.352430454 0.052948561 0.295545874 0.407502942
#> [355] 0.545315402 0.129479301 0.176576875 0.131638305 0.451388588 0.381540397
#> [361] 0.096342395 0.051870134 0.151554578 0.020084204 0.028495489 0.340427087
#> [367] 0.073005831 0.036306241 0.152130819 0.362677187 0.160686395 0.390267191
#> [373] 0.108233125 0.194512030 0.265272805 0.221572336 0.254983837 0.401898268
#> [379] 0.471124787 0.367654065 0.671032216 0.295624249 0.123155466 0.056579503
#> [385] 0.035971011 0.045865911 0.377103954 0.352472942 0.064146270 0.118420994
#> [391] 0.234697094 0.402385906 0.396253610 0.206480713 0.197683257 0.070976739
#> [397] 0.210856262 0.275177995 0.051851699 0.395712465 0.364363120 0.341122440
#> [403] 0.462566496 0.327512317 0.186348132 0.168215199 0.094536067 0.121948853
#> [409] 0.184076376 0.223507146 0.225791499 0.728563896 0.638335403 0.069787981
#> [415] 0.127040641 0.223963689 0.250421356 0.278485453 0.084776740 0.073612168
#> [421] 0.025040718 0.037971744 0.086574529 0.066999867 0.149931444 0.450669017
#> [427] 0.627300824 0.126214238 0.130529442 0.143819009 0.270041223 0.133192162
#> [433] 0.261302596 0.180439444 0.077252202 0.201695231 0.315942282 0.317830439
#> [439] 0.341708925 0.411474762 0.332017543 0.568418695 0.262931899 0.180902433
#> [445] 0.032390193 0.203678439 0.266220831 0.035472449 0.021549264 0.046412462
#> [451] 0.106935636 0.181779266 0.353405289 0.448271092 0.141270239 0.145033023
#> [457] 0.116391352 0.064856669 0.193388380 0.404323897 0.411866418 0.353861014
#> [463] 0.155388265 0.079531184 0.062387037 0.149205834 0.244306072 0.152273118
#> [469] 0.099821473 0.241804293 0.256731520 0.393348152 0.161127568 0.384649086
#> [475] 0.282104879 0.180075374 0.293044369 0.293513618 0.341055599 0.230070655
#> [481] 0.173141201 0.242472099 0.410758979 0.285869660 0.154013747 0.285695432
#> [487] 0.124435459 0.392785703 0.045552080 0.130304387 0.283911954 0.094415540
#> [493] 0.505194231 0.170998173 0.148747609 0.272510716 0.220072452 0.380874385
#> [499] 0.082798847 0.098236614 0.184420176 0.245653720 0.224955040 0.290523704
#> [505] 0.276016218 0.173919523 0.395171054 0.183523144 0.186884384 0.273193861
#> [511] 0.114075513 0.246737760 0.181991398 0.320034639 0.280469474 0.082762755
#> [517] 0.425341819 0.099905482 0.515888657 0.335045118 0.053578311 0.164970799
#> [523] 0.485533860 0.315924991 0.417726173 0.234084436 0.121488089 0.387922462
#> [529] 0.408280517 0.086701265 0.038398389 0.195230882 0.177024704 0.171788315
#> [535] 0.143782521 0.136617675 0.252920098 0.293827084 0.421445847 0.419397217
#> [541] 0.324442276 0.267162693 0.119864734 0.370722876 0.179675380 0.295329404
#> [547] 0.167030296 0.301011925 0.444933931 0.124762505 0.333048895 0.318527122
#> [553] 0.296951794 0.612548419 0.053620379 0.184611705 0.267793460 0.131259292
#> [559] 0.240729528 0.264662375 0.261425242 0.297028538 0.333248196 0.261196146
#> [565] 0.494515153 0.066791057 0.015632956 0.336359709 0.142469125 0.274584079
#> [571] 0.351168806 0.193552894 0.358229416 0.052091684 0.096196846 0.102600782
#> [577] 0.570468490 0.248086861 0.074717605 0.342911536 0.479773386 0.145970652
#> [583] 0.179234652 0.408653944 0.260539913 0.118287560 0.127275773 0.245285541
#> [589] 0.032803048 0.058195851 0.085444386 0.088183285 0.116709821 0.066835600
#> [595] 0.459514532 0.259993596 0.422382521 0.340676064 0.186903293 0.206146343
#> [601] 0.196516117 0.316396006 0.149601336 0.494733289 0.140370982 0.515951424
#> [607] 0.250474458 0.195900474 0.125387465 0.298681683 0.406517932 0.291294153
#> [613] 0.178154693 0.472781788 0.569230088 0.601260793 0.453311390 0.275460912
#> [619] 0.371010128 0.191215620 0.485885936 0.431931442 0.507406548 0.299594949
#> [625] 0.515577294 0.360935080 0.119562289 0.471166474 0.426289516 0.178507603
#> [631] 0.278042337 0.288173885 0.107671939 0.326879062 0.182710763 0.170155696
#> [637] 0.271410089 0.206691792 0.164902634 0.204540790 0.120610916 0.336983131
#> [643] 0.362522418 0.463100473 0.160820550 0.143456957 0.066967651 0.087846135
#> [649] 0.107997932 0.348349207 0.142635628 0.242303944 0.590378710 0.279820938
#> [655] 0.382376012 0.366852618 0.033980042 0.620146976 0.179731706 0.222762508
#> [661] 0.180542609 0.305149969 0.214404521 0.272366720 0.711035782 0.525773578
#> [667] 0.255423745 0.056808934 0.044842854 0.278265841 0.402112128 0.128669041
#> [673] 0.321743492 0.432413215 0.559352228 0.468080813 0.061007307 0.180319159
#> [679] 0.052853800 0.093769295 0.055226700 0.183864090 0.398738671 0.231506653
#> [685] 0.324811413 0.332184795 0.310706987 0.085555424 0.412717494 0.219874608
#> [691] 0.510887840 0.157693291 0.189191263 0.663715170 0.072877969 0.217304801
#> [697] 0.153396563 0.117546683 0.163735014 0.309136019 0.247760087 0.204285371
#> [703] 0.236971126 0.228492864 0.267449143 0.156057011 0.171882395 0.468945216
#> [709] 0.173178415 0.057840441 0.108644264 0.148243417 0.129472692 0.154586037
#> [715] 0.243411276 0.167752534 0.124727990 0.200389572 0.188214891 0.333432643
#> [721] 0.334925366 0.375054081 0.217924410 0.434622571 0.275374412 0.111242980
#> [727] 0.436958472 0.264791485 0.311326900 0.481753575 0.081696768 0.332609892
#> [733] 0.238258331 0.236580830 0.147502825 0.247490607 0.117912945 0.349928729
#> [739] 0.053880643 0.084066405 0.058166951 0.033123009 0.085056692 0.099488831
#> [745] 0.263567648 0.222902911 0.256390591 0.266487852 0.034143196 0.279082884
#> [751] 0.034058945 0.337233575 0.286348909 0.142761830 0.291910954 0.382224634
#> [757] 0.414561451 0.315752876 0.366335925 0.160144605 0.158868620 0.169113187
#> [763] 0.072561520 0.054462066 0.156063805 0.116708937 0.150037317 0.426940828
#> [769] 0.046192271 0.047376177 0.311967549 0.284315045 0.328213689 0.496226167
#> [775] 0.120571243 0.051333081 0.187411591 0.356340047 0.024688917 0.062507505
#> [781] 0.481695405 0.285519637 0.434053692 0.140760110 0.172065235 0.172472453
#> [787] 0.313440360 0.172443942 0.183296337 0.139559965 0.267804902 0.209119975
#> [793] 0.248594314 0.433578931 0.418536706 0.150703468 0.332319188 0.318493824
#> [799] 0.136618956 0.636122271 0.173247663 0.389208101 0.405266705 0.320549086
#> [805] 0.325170393 0.159897576 0.288025966 0.323149231 0.142185594 0.203460943
#> [811] 0.293504507 0.091251394 0.359788683 0.177954858 0.178810194 0.250132185
#> [817] 0.470965342 0.275508539 0.280779798 0.806940864 0.323224585 0.403674114
#> [823] 0.138439032 0.340572508 0.165191050 0.174225482 0.233017228 0.242574362
#> [829] 0.130752281 0.175630336 0.103899005 0.110675176 0.058244948 0.401141356
#> [835] 0.058345516 0.257177311 0.341800824 0.186131241 0.197452801 0.222191132
#> [841] 0.274483149 0.490157326 0.645675075 0.412817803 0.443576562 0.223270043
#> [847] 0.255943080 0.172588952 0.077249565 0.399860721 0.418425293 0.470367085
#> [853] 0.291357921 0.503396850 0.466627650 0.221178878 0.154282766 0.305071858
#> [859] 0.248752387 0.350429231 0.212326003 0.286026215 0.353422284 0.036846358
#> [865] 0.134753945 0.362766515 0.210238190 0.049091635 0.256308207 0.195047295
#> [871] 0.624129960 0.222434167 0.205198056 0.214495016 0.286656045 0.238883078
#> [877] 0.353733059 0.162034530 0.170341330 0.278979238 0.117648434 0.038992407
#> [883] 0.217182271 0.228404099 0.245647564 0.057351698 0.123148959 0.338076234
#> [889] 0.213517966 0.153121354 0.269009873 0.027826713 0.039316553 0.210392305
#> [895] 0.084977903 0.032880333 0.013824232 0.143144593 0.371554295 0.175926636
#> [901] 0.461007991 0.432539660 0.194137105 0.142411163 0.289306546 0.105995057
#> [907] 0.051253513 0.087879116 0.011042929 0.029275257 0.165009746 0.202816424
#> [913] 0.031071275 0.562320783 0.208756371 0.114186203 0.258228740 0.014171072
#> [919] 0.133827781 0.226952223 0.303361239 0.220201987 0.251089248 0.267197040
#> [925] 0.246809153 0.131068414 0.314946462 0.201620013 0.373749525 0.093294571
#> [931] 0.157508414 0.280321453 0.063291965 0.171546902 0.210567752 0.169518862
#> [937] 0.565550347 0.183208545 0.213125928 0.149652319 0.231339143 0.315989009
#> [943] 0.183507834 0.244738061 0.389342493 0.097907065 0.194617972 0.154586030
#> [949] 0.175664584 0.268250944 0.321309348 0.279251896 0.245531389 0.152901258
#> [955] 0.403975979 0.148488137 0.076120026 0.040329172 0.421150613 0.236263545
#> [961] 0.250294438 0.238740063 0.086363769 0.200290421 0.159507993 0.199506370
#> [967] 0.223776258 0.083512633 0.466823758 0.107858958 0.028313454 0.041664531
#> [973] 0.149053668 0.028762984 0.059448486 0.171965150 0.570745491 0.203391273
#> [979] 0.043274140 0.047534747 0.023948090 0.049019809 0.279825519 0.104530208
#> [985] 0.176575841 0.271785239 0.181113554 0.241773559 0.203431187 0.196478182
#> [991] 0.340561137 0.203269988 0.636745856 0.390609881 0.329402929 0.157683041
#> [997] 0.538841252 0.252807576 0.403307721 0.317246784