Getting the Prob Function for a Given Model Type

A function that returns a prob() function that computes the toxicity probabilities for a given dose level, based on the model specific parameters.

Usage

probFunction(model, ...)

# S4 method for class 'GeneralModel'
probFunction(model, ...)

# S4 method for class 'ModelTox'
probFunction(model, ...)

# S4 method for class 'LogisticLogNormalOrdinal'
probFunction(model, grade, ...)

Arguments

model: (GeneralModel or ModelTox)
the model.
...: model specific parameters.
grade: (integer)
the toxicity grade for which the dose function is required

Value

A prob() function that computes toxicity probabilities.

Functions

probFunction(GeneralModel): Return a probability function for a GeneralModel.
probFunction(ModelTox): Return a probability function for a ModelTox.
probFunction(LogisticLogNormalOrdinal): Return a grade-specific probability function for a LogisticLogNormalOrdinal model.

Examples

my_model <- LogisticLogNormal(
  mean = c(-0.85, 1),
  cov = matrix(c(1, -0.5, -0.5, 1), nrow = 2),
  ref_dose = 50
)

prob_fun <- probFunction(my_model, alpha0 = 2, alpha1 = 3)
prob_fun(30)
#> [1] 0.6147973
ordinal_data <- .DefaultDataOrdinal()
ordinal_model <- .DefaultLogisticLogNormalOrdinal()
opts <- .DefaultMcmcOptions()
samples <- mcmc(ordinal_data, ordinal_model, opts)

probFunction(
  ordinal_model,
  grade = 2L,
  alpha2 = samples@data$alpha1,
  beta = samples@data$beta
)(50)
#>    [1] 0.188181472 0.185488561 0.197225283 0.153105399 0.114801761 0.148416403
#>    [7] 0.174685207 0.300877603 0.201127636 0.263768815 0.265800794 0.178701567
#>   [13] 0.093748432 0.265935979 0.256406932 0.173561422 0.071534943 0.211770103
#>   [19] 0.287784836 0.294927700 0.070892542 0.215800073 0.193893717 0.254968343
#>   [25] 0.206977086 0.163086588 0.136886712 0.150250250 0.430095472 0.132083395
#>   [31] 0.051203942 0.110769334 0.016035979 0.015873483 0.064663310 0.114887590
#>   [37] 0.037121611 0.083101483 0.175071030 0.539852102 0.534102859 0.347361116
#>   [43] 0.125960122 0.054552463 0.089717457 0.146473737 0.396166344 0.113026472
#>   [49] 0.289122486 0.244875523 0.412686783 0.265365175 0.203345373 0.313781558
#>   [55] 0.244926941 0.259603635 0.220265978 0.112154894 0.353434945 0.208338889
#>   [61] 0.133512173 0.511138590 0.085474176 0.082915803 0.241075179 0.241291912
#>   [67] 0.164943987 0.098124558 0.222779393 0.287969588 0.170967667 0.029187906
#>   [73] 0.115146893 0.406399009 0.251683063 0.378443417 0.216083426 0.085413072
#>   [79] 0.275429567 0.225813812 0.067363808 0.453410651 0.356666460 0.337830070
#>   [85] 0.376354984 0.149648336 0.119463927 0.267082952 0.087963706 0.094083452
#>   [91] 0.097761574 0.338291249 0.111921383 0.437746864 0.418553493 0.653210668
#>   [97] 0.320409940 0.119887673 0.245151661 0.115317894 0.340219554 0.097642690
#>  [103] 0.257074682 0.370967330 0.359246646 0.122119822 0.381017495 0.223570661
#>  [109] 0.072527342 0.075230561 0.301477701 0.076324019 0.357217833 0.289022486
#>  [115] 0.236737775 0.131038734 0.198167890 0.179119229 0.283801719 0.209605985
#>  [121] 0.196334142 0.291993724 0.568103373 0.405121792 0.140287383 0.142549483
#>  [127] 0.299061772 0.108676528 0.254301477 0.108251557 0.147412240 0.167502431
#>  [133] 0.029871415 0.336723673 0.363033296 0.193231969 0.094881475 0.221759853
#>  [139] 0.314379675 0.295890961 0.168410180 0.180791173 0.106841386 0.150151711
#>  [145] 0.190326182 0.114233543 0.041690259 0.096194370 0.452874022 0.325957268
#>  [151] 0.197071154 0.664896766 0.258367006 0.684421635 0.042634459 0.573360991
#>  [157] 0.553228482 0.295891104 0.470406163 0.567754063 0.283807106 0.428992172
#>  [163] 0.291620283 0.449749339 0.129903541 0.294188269 0.182435840 0.190970648
#>  [169] 0.085157556 0.145673872 0.405588167 0.080995744 0.150026195 0.047552880
#>  [175] 0.057733904 0.118556144 0.210661871 0.091759304 0.114126092 0.161603971
#>  [181] 0.064110096 0.334335021 0.199968158 0.018072893 0.011597388 0.078376942
#>  [187] 0.071650023 0.023932583 0.042409918 0.106123057 0.160093163 0.150184344
#>  [193] 0.125449261 0.424696017 0.196167847 0.186195591 0.134869632 0.074107268
#>  [199] 0.175032607 0.072464590 0.247061105 0.185880799 0.328973844 0.372745010
#>  [205] 0.091735099 0.215300229 0.277173459 0.216535134 0.194924919 0.230178215
#>  [211] 0.130093086 0.080084042 0.187494992 0.219529314 0.196571263 0.085954779
#>  [217] 0.012356612 0.016619075 0.050372695 0.200469848 0.764796849 0.318328132
#>  [223] 0.219898065 0.007013832 0.020637594 0.045554987 0.211540590 0.235083766
#>  [229] 0.075627206 0.396160548 0.103241308 0.106245286 0.116212009 0.282155319
#>  [235] 0.343053669 0.238126048 0.075379377 0.213079273 0.413221922 0.145316617
#>  [241] 0.402041685 0.339361669 0.306985568 0.079846619 0.340113814 0.157800446
#>  [247] 0.086927221 0.273485999 0.149887141 0.051150424 0.174936006 0.283953418
#>  [253] 0.069190527 0.096828418 0.104596858 0.125207678 0.121780106 0.069013528
#>  [259] 0.040024153 0.105248433 0.279937338 0.224985593 0.035395682 0.315522399
#>  [265] 0.117113381 0.289355742 0.273288166 0.446799714 0.411774854 0.633742911
#>  [271] 0.346233184 0.361849382 0.251004198 0.128898780 0.284797610 0.278229165
#>  [277] 0.526572906 0.256978454 0.095999636 0.312966820 0.213566270 0.274042028
#>  [283] 0.150069564 0.236249346 0.337938695 0.578623920 0.075680089 0.160171315
#>  [289] 0.174802167 0.110990550 0.274042896 0.340364801 0.394321437 0.285195762
#>  [295] 0.212813733 0.200052133 0.392690673 0.320119884 0.256158551 0.210064984
#>  [301] 0.145970523 0.178436819 0.385748343 0.052256917 0.110907589 0.135632566
#>  [307] 0.278269103 0.182971653 0.458147284 0.158859614 0.141348206 0.166997413
#>  [313] 0.184770788 0.295002886 0.299411100 0.194668289 0.344692148 0.238871213
#>  [319] 0.121815892 0.148959135 0.449135249 0.234959011 0.393308441 0.228597671
#>  [325] 0.391403600 0.156622244 0.296958420 0.602054821 0.292223276 0.210598289
#>  [331] 0.323343544 0.244128172 0.201734380 0.316900572 0.491555922 0.381333910
#>  [337] 0.245713294 0.387840026 0.311056818 0.022308912 0.453748465 0.246905530
#>  [343] 0.120363416 0.173283573 0.136187281 0.321175842 0.104608668 0.195884096
#>  [349] 0.400749441 0.267372324 0.236595468 0.111836862 0.282081112 0.293857701
#>  [355] 0.312707751 0.332551703 0.217956505 0.130574054 0.084803827 0.566407928
#>  [361] 0.081726162 0.082616601 0.302806345 0.293520925 0.301569913 0.247038077
#>  [367] 0.148349377 0.228492088 0.103795987 0.024660041 0.033889364 0.394462180
#>  [373] 0.084140944 0.038842711 0.079312421 0.552330765 0.535961483 0.297587931
#>  [379] 0.207762236 0.237411165 0.180989822 0.098876175 0.397866810 0.303801047
#>  [385] 0.256516488 0.201843548 0.264958871 0.358783685 0.472387451 0.394240658
#>  [391] 0.136879309 0.308657978 0.349697909 0.224489044 0.213465027 0.309996319
#>  [397] 0.095415179 0.063771034 0.316617003 0.112856872 0.137696452 0.089803678
#>  [403] 0.210513594 0.237425416 0.270116101 0.321982779 0.334341719 0.417237384
#>  [409] 0.278866598 0.156505184 0.254920064 0.107056519 0.678764185 0.133283153
#>  [415] 0.346539265 0.355150445 0.409021630 0.086912589 0.109234507 0.039972402
#>  [421] 0.435483482 0.434026540 0.221052700 0.090900677 0.039337141 0.050290826
#>  [427] 0.143737754 0.433213247 0.547003441 0.129609296 0.144666443 0.380384948
#>  [433] 0.510926982 0.105979233 0.031063434 0.215717363 0.180340269 0.151115539
#>  [439] 0.074896930 0.243571780 0.273397531 0.173279082 0.303306357 0.073454239
#>  [445] 0.321908066 0.343374986 0.306465285 0.158849425 0.088133877 0.077002026
#>  [451] 0.204525100 0.660962777 0.418489345 0.040177047 0.102971167 0.516711972
#>  [457] 0.117096152 0.417085348 0.629613592 0.158576214 0.293286833 0.368716941
#>  [463] 0.374490046 0.393852005 0.500776238 0.023248557 0.140154176 0.264624236
#>  [469] 0.128006168 0.068611433 0.221946009 0.076801094 0.445790905 0.119918560
#>  [475] 0.375425614 0.154302029 0.255606821 0.330667664 0.245789849 0.107800116
#>  [481] 0.015330927 0.199165045 0.115244764 0.502133149 0.590127116 0.197070825
#>  [487] 0.438540625 0.275037780 0.213400645 0.518502013 0.358754628 0.329182000
#>  [493] 0.117542696 0.260921700 0.176814020 0.548586023 0.294402644 0.238818812
#>  [499] 0.356765707 0.141265039 0.212934301 0.181513425 0.074866644 0.370037722
#>  [505] 0.512845539 0.305621481 0.231771501 0.375111419 0.389865584 0.236020722
#>  [511] 0.086240576 0.509395640 0.196432934 0.680769129 0.697913360 0.034954152
#>  [517] 0.171044780 0.091357413 0.229025358 0.577504196 0.117685965 0.067671890
#>  [523] 0.094333320 0.471291313 0.224194314 0.182727560 0.270258514 0.173508060
#>  [529] 0.347023650 0.624340567 0.428212791 0.360262601 0.093802402 0.431543648
#>  [535] 0.500076187 0.519502789 0.513844885 0.299491079 0.389881032 0.364792646
#>  [541] 0.146602113 0.200546956 0.204708417 0.462978514 0.279655332 0.269898078
#>  [547] 0.286187062 0.201498750 0.289097679 0.176137931 0.052716933 0.060477116
#>  [553] 0.122029723 0.121047861 0.306473879 0.167442145 0.202661096 0.489227914
#>  [559] 0.114664177 0.281663731 0.201227988 0.221303546 0.234021546 0.331143445
#>  [565] 0.426094171 0.188685314 0.333514442 0.127462750 0.698224559 0.218129696
#>  [571] 0.389596964 0.514110524 0.224330871 0.063961964 0.015599128 0.059391513
#>  [577] 0.585027769 0.250499259 0.461364435 0.307438048 0.116916753 0.235900732
#>  [583] 0.237460004 0.054287515 0.186087648 0.183742242 0.287852866 0.574296621
#>  [589] 0.083143822 0.249710781 0.269190075 0.446667748 0.032737704 0.212541823
#>  [595] 0.229452357 0.219923953 0.352846951 0.423442232 0.523999460 0.189456298
#>  [601] 0.134101287 0.058269737 0.148548705 0.136359864 0.038793949 0.370907393
#>  [607] 0.062916067 0.093529336 0.322437834 0.060035177 0.044814084 0.140470314
#>  [613] 0.197880664 0.233177917 0.474051870 0.587240943 0.372843647 0.414723058
#>  [619] 0.417277843 0.637543730 0.266693608 0.355702231 0.216949060 0.450725104
#>  [625] 0.338153158 0.131338981 0.269192800 0.559935949 0.229673854 0.375721227
#>  [631] 0.389681604 0.149094411 0.126765778 0.110747197 0.091687431 0.068445349
#>  [637] 0.098704280 0.073149188 0.164045300 0.344759721 0.511497234 0.136742791
#>  [643] 0.225955353 0.159493196 0.196935337 0.521099126 0.320085769 0.295341419
#>  [649] 0.285850782 0.151474068 0.532934091 0.339109856 0.333972428 0.298671992
#>  [655] 0.355522856 0.596268506 0.034408076 0.162660911 0.104593248 0.272043982
#>  [661] 0.063783417 0.127599540 0.278825622 0.204130284 0.163609204 0.155283211
#>  [667] 0.052228961 0.054736234 0.215203183 0.033130775 0.104014382 0.079256893
#>  [673] 0.054538182 0.029488769 0.144364578 0.139610627 0.155753141 0.086802295
#>  [679] 0.086956957 0.103268501 0.225811615 0.137948572 0.073287729 0.058060271
#>  [685] 0.120445807 0.029490174 0.042320985 0.035609963 0.150692547 0.307697034
#>  [691] 0.183905526 0.278941622 0.422436645 0.384232368 0.058720151 0.053687012
#>  [697] 0.085362548 0.408298299 0.288177148 0.236972099 0.074333737 0.362174120
#>  [703] 0.220225299 0.326367204 0.200854479 0.316101582 0.104135065 0.178128233
#>  [709] 0.170664514 0.117941784 0.043224854 0.199218822 0.358871878 0.325755403
#>  [715] 0.277148638 0.289896512 0.156201959 0.163958180 0.127881303 0.250280591
#>  [721] 0.151300933 0.156574775 0.535124000 0.133325294 0.497039714 0.406140169
#>  [727] 0.117977309 0.233699337 0.294704176 0.506127829 0.463962506 0.390316327
#>  [733] 0.099418575 0.270448655 0.226189733 0.184079882 0.074858054 0.165108262
#>  [739] 0.109825629 0.412819804 0.306586533 0.216335853 0.203391924 0.181398047
#>  [745] 0.386040756 0.161092242 0.070601285 0.148506765 0.260605749 0.175473217
#>  [751] 0.038620668 0.035885525 0.051242160 0.035381647 0.078642802 0.133630305
#>  [757] 0.516387367 0.092222782 0.398092788 0.148136408 0.166578530 0.059738295
#>  [763] 0.166689431 0.166241745 0.315189640 0.468291600 0.463784387 0.694971672
#>  [769] 0.340936134 0.363648257 0.297708518 0.488046367 0.136708780 0.187385492
#>  [775] 0.228927474 0.230567770 0.198659800 0.248045965 0.184187366 0.087109293
#>  [781] 0.028123990 0.015380570 0.023408321 0.065560213 0.097525424 0.103749025
#>  [787] 0.017926558 0.266205719 0.206226062 0.322741521 0.094716973 0.111428246
#>  [793] 0.198610672 0.015531418 0.445698134 0.206110588 0.363984615 0.162044349
#>  [799] 0.273324055 0.358161348 0.136272914 0.146059970 0.086854031 0.304423196
#>  [805] 0.156034096 0.027678986 0.076000976 0.266259074 0.136183696 0.121416523
#>  [811] 0.059527622 0.137244773 0.058373647 0.419353473 0.215869628 0.344664249
#>  [817] 0.167774101 0.436456054 0.391500688 0.552761762 0.329534304 0.219646999
#>  [823] 0.533206044 0.219048478 0.376548986 0.375657911 0.343199148 0.418001163
#>  [829] 0.605466816 0.241864912 0.373779171 0.266420930 0.324917074 0.201354461
#>  [835] 0.118399967 0.208839746 0.227061856 0.260562127 0.192412901 0.378417438
#>  [841] 0.252292083 0.333797470 0.240757279 0.043837701 0.204508973 0.176832854
#>  [847] 0.353318505 0.094332192 0.235247593 0.234793146 0.154592296 0.527590366
#>  [853] 0.519341770 0.343211869 0.288795270 0.509225407 0.078632244 0.087316714
#>  [859] 0.023141579 0.149347920 0.111553156 0.492138585 0.418887008 0.391151025
#>  [865] 0.505516400 0.175965550 0.164350116 0.203371362 0.517523246 0.302921511
#>  [871] 0.252351460 0.150275437 0.159083315 0.375603129 0.465809130 0.088348684
#>  [877] 0.219987546 0.112242962 0.713063707 0.634303416 0.482147683 0.486337459
#>  [883] 0.206541078 0.049321607 0.058233125 0.043930761 0.276478900 0.096816183
#>  [889] 0.146500168 0.285882085 0.564983846 0.310721580 0.285353301 0.417955226
#>  [895] 0.507086019 0.144558330 0.085941393 0.204424833 0.319216781 0.706959792
#>  [901] 0.072872994 0.329040626 0.488934994 0.211276800 0.220878479 0.269907704
#>  [907] 0.646585593 0.407202861 0.293891334 0.300891859 0.310193479 0.182698872
#>  [913] 0.231912315 0.474128437 0.181361091 0.248645092 0.299116245 0.264894568
#>  [919] 0.222433070 0.198249878 0.235822457 0.248299484 0.141722415 0.076676946
#>  [925] 0.118218320 0.160373237 0.123199731 0.400036246 0.151555320 0.028024181
#>  [931] 0.017866123 0.045291581 0.066828456 0.421230094 0.686658907 0.319696020
#>  [937] 0.125144384 0.376399492 0.122292790 0.380290143 0.462530710 0.355786437
#>  [943] 0.210039941 0.090490099 0.097058822 0.118632203 0.197049137 0.098836380
#>  [949] 0.370069030 0.418638058 0.339606484 0.109162610 0.197879147 0.201105359
#>  [955] 0.192344653 0.105292418 0.135207504 0.130065999 0.083912167 0.085332945
#>  [961] 0.147585350 0.278282721 0.318456023 0.308499664 0.299968428 0.033128185
#>  [967] 0.149314846 0.433729101 0.260064566 0.081386274 0.403915357 0.381655778
#>  [973] 0.116840296 0.300462934 0.365489278 0.411364060 0.217903397 0.160170328
#>  [979] 0.266757557 0.075398112 0.039843931 0.110074339 0.173723183 0.278064150
#>  [985] 0.203960288 0.138168365 0.189365697 0.076023847 0.162366163 0.133472220
#>  [991] 0.197138395 0.075059380 0.102343465 0.081712946 0.242895852 0.189284557
#>  [997] 0.224014047 0.187043276 0.284050325 0.525144025