![[Experimental]](figures/lifecycle-experimental.svg)
A function that returns a prob() function that computes the toxicity
probabilities for a given dose level, based on the model specific parameters.
Usage
probFunction(model, ...)
# S4 method for class 'GeneralModel'
probFunction(model, ...)
# S4 method for class 'ModelTox'
probFunction(model, ...)
# S4 method for class 'LogisticLogNormalOrdinal'
probFunction(model, grade, ...)Value
A prob() function that computes toxicity probabilities.
Functions
probFunction(GeneralModel):probFunction(ModelTox):probFunction(LogisticLogNormalOrdinal):
Examples
my_model <- LogisticLogNormal(
mean = c(-0.85, 1),
cov = matrix(c(1, -0.5, -0.5, 1), nrow = 2),
ref_dose = 50
)
prob_fun <- probFunction(my_model, alpha0 = 2, alpha1 = 3)
prob_fun(30)
#> [1] 0.6147973
ordinal_data <- .DefaultDataOrdinal()
ordinal_model <- .DefaultLogisticLogNormalOrdinal()
opts <- .DefaultMcmcOptions()
samples <- mcmc(ordinal_data, ordinal_model, opts)
probFunction(
ordinal_model,
grade = 2L,
alpha2 = samples@data$alpha1,
beta = samples@data$beta
)(50)
#> [1] 0.29419317 0.20201984 0.25027786 0.15655264 0.13719968 0.40305733
#> [7] 0.09821271 0.24426972 0.18381543 0.13652827 0.17803262 0.24580427
#> [13] 0.12772643 0.21454308 0.10769308 0.14308414 0.19117656 0.21769715
#> [19] 0.09404105 0.30762378 0.44984839 0.23080138 0.21997007 0.69883503
#> [25] 0.26096130 0.28556850 0.19661404 0.26519617 0.10988930 0.19905144
#> [31] 0.11214473 0.02420964 0.08334978 0.10307192 0.13331335 0.20393862
#> [37] 0.23133852 0.22723648 0.32595269 0.36623263 0.37733548 0.23830855
#> [43] 0.12525146 0.36494956 0.36858540 0.33969548 0.22506304 0.28285577
#> [49] 0.26233880 0.20741850 0.15534587 0.27668506 0.23283683 0.25359196
#> [55] 0.25181069 0.20880430 0.29827829 0.15271054 0.34357898 0.24867732
#> [61] 0.20529178 0.18068433 0.05578747 0.11019954 0.25082421 0.24643856
#> [67] 0.19065165 0.22742878 0.49459800 0.36846670 0.19312223 0.19717773
#> [73] 0.33415411 0.19199251 0.31000947 0.29099962 0.07926607 0.25090610
#> [79] 0.29029254 0.48037334 0.25181086 0.38217825 0.16822434 0.29243369
#> [85] 0.13617306 0.16012154 0.30205797 0.26253196 0.07273628 0.27357790
#> [91] 0.21819133 0.20746295 0.28301451 0.32275127 0.37038985 0.19731301
#> [97] 0.29828001 0.21171546 0.18412478 0.19299624 0.17968042 0.29103588
#> [103] 0.41999284 0.12109323 0.27189987 0.20468720 0.14817165 0.11234662
#> [109] 0.39367561 0.32763750 0.33428805 0.24067035 0.13312667 0.16783573
#> [115] 0.04153655 0.14521256 0.47902868 0.23392507 0.08261285 0.12324458
#> [121] 0.27096077 0.24880090 0.47664643 0.28705660 0.26435156 0.32786290
#> [127] 0.22735249 0.22914270 0.21046395 0.34449741 0.11103842 0.13567259
#> [133] 0.28932082 0.30187984 0.20742873 0.13985443 0.15400292 0.42688923
#> [139] 0.24614282 0.12977605 0.22256127 0.29957406 0.05421900 0.22889931
#> [145] 0.45728081 0.36641556 0.16354770 0.37657864 0.11265202 0.13913470
#> [151] 0.17300958 0.27395364 0.35991422 0.05608691 0.22492451 0.17254470
#> [157] 0.02654927 0.19779366 0.25290117 0.15190111 0.08540243 0.26876611
#> [163] 0.24965759 0.16640540 0.40136493 0.18655737 0.12360710 0.24960025
#> [169] 0.20328118 0.36294484 0.27993955 0.42547803 0.09259962 0.10871755
#> [175] 0.11445749 0.12283905 0.22429720 0.15430356 0.19221967 0.24723269
#> [181] 0.03662228 0.79812762 0.40421541 0.24245836 0.20014550 0.13218095
#> [187] 0.02591342 0.34599681 0.20528503 0.23359162 0.40437420 0.45939615
#> [193] 0.10279459 0.22572595 0.33704738 0.24861695 0.05203149 0.05482868
#> [199] 0.06433319 0.03509870 0.58804827 0.25122064 0.48494790 0.16131233
#> [205] 0.48484976 0.08994236 0.23544776 0.20818859 0.19197518 0.49696314
#> [211] 0.35192157 0.18440349 0.20385036 0.24801924 0.64073847 0.37359208
#> [217] 0.12687436 0.14979742 0.22688144 0.17135250 0.32358604 0.41047914
#> [223] 0.07169944 0.09136180 0.04968457 0.14419610 0.13379568 0.19904080
#> [229] 0.14197787 0.18802220 0.24083410 0.26760340 0.19033541 0.28533312
#> [235] 0.37112313 0.35627017 0.37772479 0.08899203 0.19285476 0.17676659
#> [241] 0.24103421 0.18873361 0.30949949 0.28178853 0.17612604 0.11961762
#> [247] 0.31474615 0.22441560 0.23521011 0.24387859 0.49834819 0.59324512
#> [253] 0.08090713 0.03102638 0.20380325 0.13960170 0.28225141 0.15639737
#> [259] 0.08306739 0.31865439 0.20300445 0.22220888 0.30900980 0.06742880
#> [265] 0.24471371 0.10200877 0.15007993 0.61650504 0.32215295 0.44965988
#> [271] 0.50010354 0.06984827 0.18760066 0.51350782 0.08926934 0.11066998
#> [277] 0.27723378 0.28263749 0.04363771 0.03524506 0.00770132 0.03836823
#> [283] 0.21683640 0.22928205 0.34216101 0.62689097 0.32950028 0.29199319
#> [289] 0.34950382 0.43733521 0.23788287 0.11351099 0.08778970 0.30334159
#> [295] 0.02755750 0.07566990 0.24350870 0.46966350 0.13813583 0.21319077
#> [301] 0.19101054 0.13799695 0.24635978 0.13644929 0.09361889 0.21541893
#> [307] 0.15147346 0.03741395 0.15757630 0.13870268 0.14269572 0.10243706
#> [313] 0.24760434 0.38433572 0.53116806 0.46800061 0.58421257 0.22682692
#> [319] 0.35236287 0.32249274 0.06526474 0.24106080 0.24296705 0.23036539
#> [325] 0.27236167 0.33762377 0.25658839 0.32448441 0.19320904 0.27460610
#> [331] 0.18203233 0.30471960 0.34692661 0.22725654 0.28689605 0.12339173
#> [337] 0.11138917 0.18369135 0.15313594 0.23400575 0.19570247 0.24945221
#> [343] 0.28212040 0.13584063 0.25372253 0.36425980 0.20942552 0.18096603
#> [349] 0.39451917 0.58771858 0.44735368 0.03863109 0.20790971 0.21959166
#> [355] 0.19892166 0.17658204 0.23552505 0.38499504 0.22426464 0.32707526
#> [361] 0.19811023 0.22855295 0.06895100 0.14363684 0.12690336 0.05817900
#> [367] 0.24375084 0.41430465 0.21414152 0.20597860 0.21482197 0.07624061
#> [373] 0.05460222 0.22345275 0.35785929 0.44853272 0.22332137 0.32655771
#> [379] 0.36111693 0.22757285 0.41428858 0.43158048 0.27842966 0.66190797
#> [385] 0.35249651 0.13681016 0.16814923 0.21968863 0.51335450 0.43971603
#> [391] 0.14691819 0.29528442 0.28175452 0.30457824 0.22884569 0.10674963
#> [397] 0.16188640 0.51917105 0.41367043 0.35382835 0.20803024 0.05853418
#> [403] 0.13176153 0.14261248 0.33088257 0.45355674 0.21233762 0.21745154
#> [409] 0.39143062 0.26297697 0.32537251 0.16342664 0.30268178 0.17035936
#> [415] 0.48834636 0.20370117 0.48800993 0.17996856 0.21562157 0.16356503
#> [421] 0.33102381 0.14071439 0.29544920 0.06982826 0.20243565 0.43468825
#> [427] 0.33690690 0.30742141 0.17914872 0.10274178 0.08524377 0.05283948
#> [433] 0.06547044 0.36096875 0.07903125 0.06431059 0.23096180 0.29407172
#> [439] 0.09525705 0.38483773 0.13346473 0.16941245 0.23293527 0.58048769
#> [445] 0.10518795 0.08553882 0.10521825 0.09872619 0.53316768 0.15861237
#> [451] 0.24528041 0.19216331 0.42649382 0.33639935 0.24032027 0.13459754
#> [457] 0.11584311 0.20894313 0.41372230 0.09937886 0.31241850 0.25096155
#> [463] 0.10164737 0.09935686 0.08396447 0.14844948 0.54277089 0.38452799
#> [469] 0.24145273 0.19821769 0.24226693 0.33934909 0.38313813 0.58137028
#> [475] 0.31290316 0.15752908 0.23945934 0.37609903 0.25999963 0.20511902
#> [481] 0.35922725 0.52617039 0.52250604 0.22945684 0.13427806 0.19299898
#> [487] 0.19315565 0.41786566 0.24718238 0.29860460 0.21695435 0.52514865
#> [493] 0.24615124 0.11740556 0.18921682 0.43429324 0.29186325 0.27006456
#> [499] 0.11134405 0.14888715 0.31539941 0.25737121 0.20214599 0.26091516
#> [505] 0.32820025 0.12995367 0.18793032 0.40460385 0.31355026 0.09064393
#> [511] 0.08127938 0.17727249 0.12496370 0.13046849 0.18758060 0.32885069
#> [517] 0.49258318 0.23743852 0.38742232 0.36232707 0.20779228 0.04774006
#> [523] 0.29265070 0.27572629 0.26298134 0.13578373 0.13337648 0.26497986
#> [529] 0.45655663 0.19332387 0.23445145 0.13092112 0.40100854 0.27608941
#> [535] 0.27072522 0.29410309 0.32447985 0.11246554 0.19795099 0.12474046
#> [541] 0.28328326 0.32863370 0.48022996 0.06519897 0.12173247 0.13946718
#> [547] 0.46949521 0.31896096 0.07361231 0.26932676 0.23870075 0.07799928
#> [553] 0.06497067 0.32045601 0.25327189 0.04557366 0.09492422 0.13932682
#> [559] 0.36652679 0.44287822 0.08402852 0.06809551 0.25541922 0.14097542
#> [565] 0.16083747 0.45925590 0.23963040 0.47709253 0.18985420 0.21839095
#> [571] 0.26978055 0.19015358 0.15017325 0.14011963 0.24809688 0.21556718
#> [577] 0.19497540 0.38815156 0.52117619 0.10388005 0.13507541 0.07317615
#> [583] 0.41593302 0.18187176 0.27083239 0.14816437 0.20266212 0.26065888
#> [589] 0.24241194 0.23868555 0.27207805 0.04958428 0.34686260 0.08115394
#> [595] 0.41449048 0.44408972 0.04633757 0.07983764 0.34467014 0.17144671
#> [601] 0.16366416 0.32188978 0.06353163 0.22334934 0.39295668 0.53180667
#> [607] 0.23060649 0.21422736 0.17750128 0.39682597 0.11818398 0.13729384
#> [613] 0.29517134 0.36716877 0.21336480 0.15466886 0.25547288 0.16951331
#> [619] 0.38885619 0.13849448 0.30400268 0.17741785 0.28015547 0.29131266
#> [625] 0.09603391 0.05090950 0.15001234 0.10300871 0.57019383 0.27156257
#> [631] 0.20282436 0.18212493 0.19641417 0.49168030 0.11799756 0.16235790
#> [637] 0.22815083 0.04632618 0.35960199 0.22662083 0.25154411 0.35502219
#> [643] 0.59349583 0.49680644 0.09507487 0.23427789 0.04036770 0.21100931
#> [649] 0.38115396 0.39854116 0.44538947 0.20640172 0.22530137 0.34302323
#> [655] 0.28700748 0.24449638 0.23638553 0.14372980 0.19408470 0.28929867
#> [661] 0.15486002 0.26768413 0.20261153 0.43404516 0.22735499 0.41822807
#> [667] 0.05338104 0.09167454 0.19103336 0.14836806 0.14680093 0.31063197
#> [673] 0.41198200 0.22001504 0.12997915 0.40831969 0.30249212 0.32222883
#> [679] 0.29162286 0.21115205 0.12676839 0.27934530 0.09000196 0.66439047
#> [685] 0.29847862 0.10382104 0.36362364 0.18013584 0.14637769 0.15375205
#> [691] 0.18226565 0.05757829 0.26663286 0.13777640 0.25398240 0.29579484
#> [697] 0.12049867 0.11016281 0.04170574 0.10123621 0.43548033 0.15293026
#> [703] 0.23079865 0.46318565 0.18518461 0.24631003 0.18886598 0.10198913
#> [709] 0.11690421 0.04890248 0.17577475 0.45523976 0.24746587 0.30568176
#> [715] 0.29794656 0.14637955 0.44627210 0.20645436 0.22016720 0.30063596
#> [721] 0.42450157 0.18956676 0.18717176 0.20583108 0.37084475 0.58456462
#> [727] 0.21007223 0.30426986 0.29397731 0.18971178 0.33970349 0.21566559
#> [733] 0.08111948 0.40816238 0.17478235 0.25783183 0.25234407 0.19219767
#> [739] 0.50196821 0.32172530 0.04958685 0.01647261 0.07459232 0.38146965
#> [745] 0.13825036 0.34476364 0.23359238 0.16718969 0.12957221 0.30227761
#> [751] 0.30199619 0.38570109 0.22499969 0.26995106 0.33601316 0.14393301
#> [757] 0.23436066 0.29956364 0.05999352 0.50525498 0.10781908 0.04746645
#> [763] 0.07910404 0.59114286 0.69027448 0.28425241 0.24232362 0.40820793
#> [769] 0.43125654 0.27028555 0.43254631 0.14457607 0.05343458 0.15744059
#> [775] 0.27478261 0.12803479 0.37443298 0.46883128 0.40559255 0.33003575
#> [781] 0.56640215 0.10019273 0.09252039 0.06494275 0.14228882 0.17688756
#> [787] 0.12546743 0.47648491 0.37177589 0.23026795 0.41079107 0.39104225
#> [793] 0.15486352 0.21579833 0.13676184 0.45372777 0.39221416 0.55061818
#> [799] 0.23744929 0.43766661 0.28462933 0.13372843 0.51422447 0.53735195
#> [805] 0.37661153 0.62760156 0.36432353 0.18356213 0.20161164 0.09819787
#> [811] 0.30732922 0.12014566 0.07521866 0.18220389 0.12208658 0.10481248
#> [817] 0.39534013 0.21083876 0.36149997 0.12362211 0.30515231 0.05409667
#> [823] 0.11642023 0.40494136 0.18468686 0.10475149 0.21788957 0.20323763
#> [829] 0.15623310 0.39134725 0.56925626 0.03895854 0.15715093 0.10352889
#> [835] 0.10827527 0.18201769 0.20166624 0.11656348 0.40735892 0.18563275
#> [841] 0.36661660 0.20369440 0.26734218 0.19443997 0.31074556 0.22976319
#> [847] 0.16652257 0.17553868 0.11726749 0.13820469 0.01682560 0.06772459
#> [853] 0.31449633 0.32225934 0.23416668 0.10716977 0.38382760 0.48165333
#> [859] 0.29404201 0.09496878 0.19794509 0.40709516 0.09814821 0.47300810
#> [865] 0.34059501 0.09692778 0.26058512 0.38600652 0.12538669 0.17825839
#> [871] 0.17915332 0.47923323 0.32325465 0.35002705 0.12371599 0.08345716
#> [877] 0.16378617 0.07558655 0.15248982 0.11000900 0.19524319 0.58407543
#> [883] 0.39456043 0.22205582 0.11237853 0.21782137 0.09699202 0.13369532
#> [889] 0.40520569 0.30383019 0.25596756 0.17091436 0.18777954 0.11292354
#> [895] 0.43382242 0.13020747 0.24748482 0.18440046 0.15448977 0.33854862
#> [901] 0.11640065 0.14510437 0.16319347 0.25186719 0.59865684 0.13358109
#> [907] 0.15086771 0.09908851 0.20940258 0.27219214 0.19534547 0.09290827
#> [913] 0.06461576 0.23228838 0.21326194 0.11335582 0.04336766 0.06948359
#> [919] 0.28828540 0.40435649 0.47990077 0.22754160 0.35900503 0.29619214
#> [925] 0.14801202 0.40160087 0.10023912 0.04044808 0.52967949 0.27899848
#> [931] 0.25062102 0.30293425 0.46997008 0.12935909 0.46064728 0.47584382
#> [937] 0.07197880 0.10685171 0.34325158 0.17042081 0.14070304 0.27238019
#> [943] 0.08455502 0.15282918 0.24931342 0.04196367 0.10849616 0.09193961
#> [949] 0.39708187 0.17113026 0.14326561 0.33180930 0.14647087 0.42260293
#> [955] 0.69267641 0.05389353 0.15310319 0.21675191 0.34878180 0.31108262
#> [961] 0.21055968 0.09013148 0.44109499 0.17458865 0.14390241 0.51692319
#> [967] 0.59482981 0.31919959 0.20256788 0.22448131 0.12153298 0.55054335
#> [973] 0.29154444 0.12892817 0.33845212 0.66562518 0.74458170 0.74092149
#> [979] 0.31772340 0.21538059 0.31748825 0.04636380 0.14438908 0.11994268
#> [985] 0.10747334 0.15925376 0.23671809 0.23537658 0.10635052 0.43415561
#> [991] 0.14614197 0.45561853 0.30216571 0.21016363 0.20590204 0.20397458
#> [997] 0.21139229 0.18883946 0.13722294 0.16821099